Разработка модуля частичной автоматизации выделения контуров клеток на цифровых микрофотографиях для программного комплекса FIJI

В работе представлена общая концепция реализации и схема функционирования программного модуля, ассистирующего пользователю в процессе выделения контуров клеток на цифровых микрофотографиях поперечных срезов листовых пластинок. Модуль реализует функции сохранения информации об изображении, координат опорных точек контура и размеров клеток в базе данных PostgreSQL. В целях стандартизации процесса, модуль содержит ряд инструментов для выделения интересующих частей клеток и формирования опорной сети линий для выделения гомологичных точек контуров. Разработанный модуль позволяет ускорить обработку изображений и добиться высокой консистентности данных.

The paper presents a general realization concept and a functional schema of the FIJI plug-in, which assists a user in the process of the cell silhouettes acquisition on leaf lamina cross-sections micro-photographs. The plug-in implements saving of an image information, silhouettes landmarks coordinates and cell size in PostgreSQL database. In order to standardize the process the plug-in contains a set of instruments for the cell parts selection and for the support lines mesh generation, which help in homologous landmarks registration. Developed plug-in allows to increase an images processing speed and to achieve high data consistency.